民國二十六年中日戰爭開始，本村四周圍魚塭均被日人強行征收，改闢鹽田水路變更因之王船無法出海巡繞，乃改在廟庭供善男信女朝拜。民國五十三年建醮再次重建王船，現在王船規模較前更為壯觀。

七股鄉雖西臨大海，濱海或臨溪庄頭亦有不少，但田野調查發現，有王船信仰或現象的庄頭，只有頂山村「頂山仔」一地。不過，此地僅有祀船現象，並無王醮或王船祭典，所祀王船還裝置於特製的鐵牛車上，並偶而參與交陪境的遶境活動堪稱一大特色。

「頂山仔」王船原為道光14年(1834)所撿拾的小船，因年久腐壞，乃於光緒20年(1894)重修廟宇時另造一艘較大者取代，後亦腐朽逐，又於1964年「甲辰醮」時再度造，船即今所見王船，木工細緻，造形優雅，平時供於廟南王船閣內，遇有慶典始「出航」到廟前；1987年以後也參與（佳里金唐殿主辦）遶境活動，王船安置於鐵牛車上，隨香陣出巡，這也成為今日王船全貌。