天元宮是一座祭祀較單純的廟

主神是周府千歲，兩旁陪祀福德正神和註生娘娘。

主神前奉拜中壇元帥。除此之外，未供奉其他神明。

這座廟是大林地區較壯觀的 ; 前面有寬大的廟埕，美輪美奐的彩繪，龍柱沒有用鐵網包著，可以仔細欣賞雕刻的美，這一切顯示建廟者的用心與美感。

天元宮的來歷說來話長。

廟方說在明末清初時，方贊先生由祖籍福建省泉州府同安縣馬巷燒窯渡海來台，人來了，信仰也一起跟著人走，他帶來周、巫府千歲。

那時他先住在麻豆鎮西廍庄，慢慢的成為方厝寮。

依照當時的習慣，台灣居民祖先渡海來台時，常攜帶香火、神像，於拓墾有成後，即建廟來奉祀神祇。方厝寮也蓋了「永安宮」。

奉祀周、巫府千歲，屬於王爺信仰的一種

方贊先生來到的地方原來是平埔族西拉雅人的土地，麻豆（Mattau,音譯舊名麻荳），在平埔族語為「眼睛」、「中心地帶」的意思。

清朝光緒十三年(西元一八八七年)，周府千歲聖誕之日(五月四日)降乩指示，幾天後村民必須舉辦香案恭請周、巫府千歲下壇，屆時有非常重大的事項要交待。

結果神明指示，自即日起村民必須將家中所有細軟及貴重物品置於牛車上，到了晚上也不得進屋睡覺，必須都睡外面。

當時村人以為可能會有大地震，神明要村人準備隨時逃命。不久，來的不是地震，而是連日的豪雨，曾文溪因此暴漲，河流改道，大水衝進村內。

好在村民早在牛車上等著，慌忙間大家駕著牛車搬遷到蘆竹崙東方三公里的竿仔埔定居，沒有一人發生意外。

因為是新結的庒，所以稱為新結庒，簡稱新結仔。日治時代改名為新吉村。

六年後，光緒十九年為分靈來的周、巫府千歲建廟，這就是台南縣安定鄉新吉村的「保安宮」。

台南大林「天元宮」的周府千歲，即是從新吉村的保安宮再分靈而來的。

一百多年前居民從安定鄉來台南大林定居，早期並沒有建臨時壇，而是由先民以擲筊方式選出每年的爐主，周府千歲(亦稱周王公)就供奉在爐主家戶內，並按時舉行慶典等活動。

由於諸多不便，眾人咸感有建廟的必要，乃在民國七十二年(一九八三年)先集資購買現廟的基地，其上建有臨時壇供參拜之用。

十年後，民國八十二年(一九九三年)信眾再接再厲，合力獻資興建大廟，三年後，民國八十五年(一九九六年)秋末大廟告成，舉行入廟大典，廟名「天元宮」。