神秘谷步道林木茂密,植被豐富且多屬低海拔的植物,
常見的植物包括各式各樣蕨類植物、臺灣泡桐、
木油桐、金露花、『榕屬』類的植物、木賊、肥皂樹等等。
整個步道擁有多樣的動物資源,
如哺乳類動物包括了台灣獼猴、赤腹松鼠、穿山甲等;
鳥類方面如環頸雉、竹雞、大捲尾、繡眼畫眉等;
兩棲爬蟲類的動物如蛇、蛙等;
四、五月和十、十一月更是觀察螢火蟲的好場所呢!
神秘谷裡蝴蝶的種類達五十種以上,
如紫端斑蝶、青斑鳳蝶、枯葉蝶等等,是賞蝶的好地方。