在暫時解除眼前的開發危機後，蚵農自救會有感於台塑六輕落腳麥寮後對鄰近農漁產業以及居民健康所造成的各種危害，除了加強監督工作之外，還應建立長期的生態、人文、教育等推廣工作，好讓社會各界都能對於淺海養殖產業，以及海洋所蘊藏的豐富資源有更深入的認識，以換得對於海洋保護的重視，於是轉型雲林縣淺海養殖協會，期盼能延續過去社會運動的經驗，繼續深耕產業及環保議題，並積極爭取蚵農的權益。

過去，在中央積極規劃漁業權時，雲縣府以欲發展工業為由，支持沿海劃入離島工業區，拒絕漁業權，導致今日雲林沿海以淺海養殖維生的漁民因為沒有漁業權而蒙受各種損失。為了養蚵產業的永續，爭取雲林離島工業區解編是第一步，接下來還要為蚵農爭取漁業權，並實踐2006年國家永續發展會議結論中提及的將台西列入「牡蠣養殖保留區」，透過國家制度性的保護，這樣台灣的養蚵產業才能真正確保存續。