慈雲寺位於南投縣水里鄉玉峰村（因地形像龜頭俗稱龜仔頭）黃杞林觀音山（因山形如觀音抱太子而得名），屬於台大實驗林地。民國86年放領，成寺院用地。現址：永樂巷九十一之二十號（民國九十一年改編）。海拔約470公尺（台大林區水里工作站提供），四面環山，恰似一朵蓮花，慈雲寺即座落蓮蓬上。山中時有山嵐輕飄，宛如與世隔絕的桃花源。

後來新寮坪十四戶村民，由陳雲先生發起重建寺廟之議，並請對面山集集鎮油坑（俗名油車坑）的慈德寺住持上開下智法師參與策劃，於民國五十一年二月十二日己時破土動工，全村同心協力，一人一磚搬運上山，整體結構仍舊「竹管厝」。同年十一月加入佛教會。隔年（五十二年）仲春完工，命名慈雲寺。並又從集集圓姑那兒請回觀世音菩薩、護法菩薩、往者牌位安奉。當時草屯鎮長洪錫恩贈匾紀念，開智法師正式住持本寺，欲藉佛法之加持力平息此陰霾。民國五十三年六月向縣政府登記立案（資料來源鄉公所提供）。