幼年的保生大帝，身材高大，聰穎活潑，喜愛讀書，對天文、地理、禮樂、醫藥均有專研，在歧黃之術上有精闢的見解，據說他17歲時曾遊崑崙山，遇見西王母，王母授予濟世廟方及斬妖伏魔之法。

        宋仁宗明道元年〈西元一零三二年〉，福建漳、泉一帶旱災嚴重，瘟疫橫行，保生大帝出錢出力，到處脤災，而且亦帶著學生們下鄉為鄉民們醫治疾病，他們借住在花轎亭客棧，免費行醫救人無數，幾年後，鄉人感念他的義舉，便在花轎亭蓋了一座「真人宮」，表示對這位偉人的敬意，也因為如此，後人也尊稱他為「花轎公」。

據《台灣縣志》記載：「保生大帝長大後，專於醫藥，以活人為心，按病投藥遠近皆以為神。」因此民間就有許多他習醫的傳說，留傳最廣的傳說就指出他十七歲時，有一天在海邊賞月，突然出現了一位神仙，由天而降，帶他駕著祥雲前往崑崙山，拜見西王母，西王母見他聰穎過人，懷有一顆濟世之心，因此就傳以神方濟世和驅魔逐邪的工夫，並贈送他一本珍貴的醫書。他返家後潛心修習醫術，幾年後，他便外出遊歷名川、大山；印証所學醫術，所以能有妙手回春之醫術。

起死回生的神蹟：
        相傳宋神宗祥符七年，保生大帝曾在河南一帶行醫，有一回在一座樹林中，見到了一副骨骸，少了一根左腿骨，於是他就取了一段柳條，置於骨骸左腿之處，念了咒語，這副枯骨就頓時成為一個童子的模樣，跟隨他到處行醫。

        有一天他們竟然在路上碰到這個童子原本的主人，名叫江仙官，江仙官相當驚訝！因為在幾個月前，他明明見到自己的童僕被大老虎叼走，此時他的這位童僕居然死後復生。他不相信保生大帝能令死人復生，於是大帝將童僕再度變回枯骨，江仙官佩服的五體投地，於是棄官從醫，追隨保生大帝四處行醫，這也就是後來民間流傳「神方活骨，江張從師」由來。

絲線過脈救皇后：
        明成祖〈永樂大帝〉永樂七年，他的元配孝慈皇后乳房腫痛不已，成祖請來各地名醫，都無法醫治，有一天有一位道士模樣的人入宮，自稱可以醫治皇后的乳疾，成祖原本不信，但想試一試他的能力，於是讓內侍帶他進皇后寢宮的鄰室，拿來一根絲線，一端綁在皇后的手鐲，一端拿去給這個道士診視。這個道士用力按絲線，搖頭說這是金玉之類的東西，哪是皇后的御脈。